Caja Medaka

La historia sigue a Medaka Kurokami, una atractiva y magnética estudiante de primer año de la Academia Hakoniwa que fue elegida presidenta del Consejo Estudiantil con el 98% de los votos. Ella aborda estas peticiones de manera inapropiada y, con toda la ayuda de su amigo de la infancia Zenkichi Hitoyoshi, instituye un buzón de sugerencias. A lo largo de la narración, ella distribuye los lugares de liderazgo del consejo estudiantil a otros alumnos como Mogana Kikaijima y Kouki Akune.

El Consejo Estudiantil se entera de que el presidente de la academia tiene la intención de iniciar un trabajo para experimentar poderosamente con alumnos rutinarios, el Plan Flask, llamado Normales, para poder convertirlos en Anormales, es decir, personas con poderes sobrehumanos. El Consejo Estudiantil entra en conflicto con otros alumnos que están involucrados en el trabajo y se infiltra en el laboratorio secreto de la escuela.

Poco después, Misogi Kumagawa, que desea reemplazar el Consejo Estudiantil con uno de los suyos, de Medaka desafía a un campeonato al Consejo Estudiantil. Dos alumnos pierden sus poderes tras la derrota de Kumagawa y completan su transporte a la Academia Hakoniwa. Los 2 tienden a ser más fuertes que los anormales y se les denomina "no iguales". Su líder, Anshin'in, amenaza con reiniciar el Plan Flask una vez que Medaka se gradúe, lo que lleva a sus sucesores a ser capacitados por el Consejo Estudiantil. Sin embargo, la estrategia acertada de Anshin'in sería tener la posición de presidente del consejo estudiantil de Zenkichi usurpando a Medaka. Zenkichi tiene éxito y lo hace con el pretexto de mejorar la vida estudiantil. Convence a Medaka para que permita el Plan Flask para aquellas personas que no estén dispuestas.

Medaka, que asumió sus responsabilidades como presidenta del Consejo Estudiantil, pronto se involucra en un campeonato para determinar a su marido. Medaka se convierte en la ganadora y elige casarse con Zenkichi después de que ambos se gradúen y ella misma ingresa. Poco después, el amigo cercano Hansode Shiranui de Zenkichi abandona la escuela. Zenkichi y medaka descubren que ella terminará siendo otra anfitriona de Iihiko Shishime, un ser de 5000 años. Es derrotado por medaka y desaparece después de evitar que la luna se estrelle contra la Tierra, solo para reaparecer a tiempo para el servicio de fin de año. Después de su regreso, asume el puesto de su padre al frente del conglomerado empresarial de su familia, el Grupo Kurokami, solo para regresar más tarde como nueva presidenta y Medaka decide abandonar la academia. Diez años después, Zenkichi se abrió camino en el Grupo Kurokami, convirtiéndose en un trabajador de alto nivel antes de reunirse con ella, y ambos juraron no volver a separarse nunca más.