Resumen
La historia está ambientada en un futuro lejano. La tierra está arruinada y la humanidad establece la ciudad fuerte móvil Plantation. Los pilotos producidos dentro de Plantation viven en Mistilteinn, también conocido como la “jaula de pájaros”. Los niños viven allí sin saber nada del mundo exterior ni de la libertad del cielo. Sus vidas consisten en luchar para llevar a cabo misiones. Sus enemigos son misteriosas formas de vida gigantes conocidas como Kyōryū, y los niños pilotean robots llamados Franxx para enfrentarlos. Para los niños, montar en la Franxx demuestra su existencia.
Un niño llamado Hiro se llama Código: 016 y alguna vez fue conocido como un prodigio. Sin embargo, se ha quedado atrás y su existencia parece innecesaria. No pilotar un Franxx es lo mismo que dejar de existir. Un día, una misteriosa chica conocida como "Zero Two" aparece ante él. De su cabeza salen dos cuernos.