En 2065, la Tierra se encuentra en el centro de una guerra con extraterrestres de dimensiones adicionales llamados Nova. Las fuerzas armadas desarrollan y entrenan a Pandoras, hijas que pueden hacer uso de un tejido genético especial llamado Stigmata (Seikon) para mostrar sistemas y habilidades de armas de combate sobrehumanos. Apoyando a los Pandora hay socios masculinos llamados Limitadores, que utilizan poderes particulares de "congelación" para restringir la libertad de su competencia.
Cualquiera de estos limitadores es Kazuya Aoi, cuya difunta hermana era Pandora. Kazuya conoce a una Pandora fuerte, Satellizer el Bridget, apodada la Reina Intocable, por su estilo insensible y su extrema afefobia mientras asistía a la Academia West Genetics en Japón. A pesar de las advertencias de sus compañeros de escuela de que se mantenga alejado de Satellizer, Kazuya se hace amiga de ella y solicita ser su limitador. Satellizer accede a asociarse con él, a pesar de que pronto cae en una competencia amorosa llamada Rana Linchen, quien cree que Kazuya es su alma gemela después de apoyarla en varias peleas contra oponentes universitarios de posiciones y cursos cambiantes. Cuando los Nova asaltan su universidad utilizando Pandoras bajo su control para obtener acceso al laboratorio subterráneo de la institución, su competencia queda eliminada.
Satellizer y Kazuya se unen a algunos estudiantes de West Genetics en un laboratorio en Alaska, donde ayudarán con el proyecto Evolution Pandora (E Pandora), que permite a las mujeres normales recibir trasplantes de estigmas para convertirse en Pandoras. Cuando uno de los E Pandora se vuelve loco, los demás se preguntan si los medicamentos en el experimento no son peligrosos, sino que están obligados a obedecer los deseos de la organización empresarial y del gerente. Al descubrir que hasta que sean prescindibles, van a ser utilizados, la E-Pandora Amelia Evans dirige una revuelta que se intensifica hasta convertirse en un choque total en Nova Clash.
Kazuya aprende más sobre los vínculos de su familia con Nova y Pandora. El abuelo de Kazuya, Gengo Aoi, encontró el mismo trabajo, lo que coloca a Rana y Satellizer en un equipo único con mujeres llamadas Valkyries. Sin embargo, durante la actividad de demostración con Nova ficticia diseñada a medida, los Pandora experimentan delirios y las Nova ficticias se convierten en una legión de cientos de Nova que diezman la genética. Gengo contrarresta esto desatando a las Pandoras legendarias, que son las tías de Kazuya. El intento de Chevalier de asesinar a Gengo empleando a varios convictos llamados Busters, cuando algunos de los Pandora legendarios se transforman en Novas letales, pero la tarea se desmorona.
