En AG 101 (el año 101 del calendario de Generación Avanzada), una misteriosa entidad conocida sólo como "UE", o "enemigo desconocido", ataca y destruye la colonia espacial Angel. Este brutal ataque se vuelve infame como "El día que cayó el ángel" y marca el comienzo de la guerra de la humanidad por la supervivencia. La serie comienza en AG 108 cuando la UE ataca la colonia espacial Ovan, donde ahora vive Flit Asuno después de escapar de la colonia Angel antes de su destrucción. La madre de Flit, poco antes de que la UE la mate, le da a su hijo un objeto llamado "Dispositivo AGE". En él descubre los planos de un arma poderosa del pasado: el antiguo mesías llamado "Gundam".
A partir de estos planos, Flit pasa los siguientes años estudiando ingeniería en una base de la Federación Terrestre en la colonia espacial Nora y diseñando el Gundam AGE-1. Siete años más tarde, en AG 115, Flit completa el Gundam AGE-1 Normal, justo cuando la UE ataca a Nora, y lo utiliza para ayudar a la tripulación del acorazado "Diva" de la Federación a evacuar a los ciudadanos de la colonia antes de que sea destruida. Decidido a llevar la batalla a la UE por destruir su casa dos veces, Flit acepta servir en el escuadrón de trajes móviles de Diva que pilota el Gundam. Después de obtener suficientes datos y poder militar para establecer un curso de acción, la tripulación de Diva y sus aliados lanzan un ataque exitoso que destruyó la fortaleza secreta de la UE en el asteroide Ambat. Allí aprenden que los UE son en realidad descendientes de una misión humana supuestamente fallida enviada a colonizar Marte, dada por muerta por la Federación de la Tierra, quienes formaron su propia nación en el planeta rojo llamado Veigan.
