Este manga presenta a Ryoga, un niño con una fuerza sobrehumana que quiere encontrar a su padre desaparecido. La única pista que tiene Ryoga es una figura misteriosa en las nubes llamada "Arcades" que prometió llevarlo con su padre una vez que se volviera lo suficientemente fuerte. Junto a Ryoga está Miruto, una chica que trabaja para una organización que rastrea a los villanos que usan Pokémon para sus malas intenciones y Yappy, un periodista que pretende exponer toda la maldad del mundo. La trama se centra en “Burst”, la capacidad de usar cristales con Pokémon almacenados en ellos para transformarse en híbridos humano-Pokémon. El Burst de Ryoga es Zekrom, el mismo que usó su padre en el pasado.
