La historia se desarrolla en un mundo donde los poderes sobrenaturales existen a través de la ciencia y la magia existe a través de la religión. En la historia, Touma Kamijou es un chico normal de secundaria con puntuaciones académicas terribles y un poder llamado Imagine Breaker. Imagine Breaker puede derrotar a cualquier otro poder, pero también socava la buena suerte de Kamijou. La inmensa fuerza de su Imagine Breaker es literalmente inconmensurable, por lo que el desventurado Kamijou aparece en el nivel sobrenatural de 0. Se encuentra con una chica vestida de blanco que cuelga del balcón de su ventana. La niña dice que está siendo perseguida por hechiceros, y Kamijou se entera de que la niña es una monja de la Iglesia de Inglaterra cuyos recuerdos han sido reemplazados a la fuerza por Index-Librorum-Prohibitorum, los 103,000 textos prohibidos de la Iglesia.
