En 2065, la Tierra está en el centro de una guerra con extraterrestres de dimensiones adicionales llamados Nova. Las fuerzas armadas desarrollan y entrena a Pandoras, hijas que pueden hacer uso de tejido genético especial llamado Stigmata (Seikon) para mostrar sistemas y habilidades de armas de combate sobrehumanas. Apoyando a los Pandora hay socios masculinos llamados Limiters, que usan poderes particulares de “congelación” para restringir la libertad de competencia.
Cualquiera de estos limitadores es Kazuya Aoi, cuya difunta hermana era Pandora. Kazuya conoce a una fuerte Pandora, Satellizer el Bridget, apodada la Reina Intocable, sobre su estilo insensible y su extrema afofobia mientras asistía a West Genetics Academy en Japón. A pesar de las advertencias de sus compañeros de escuela de mantenerse alejado de Satellizer, Kazuya se hace amiga de ella y solicita ser su Limiter. Satellizer consiente en asociarse con él, a pesar de que pronto cae en una competencia en la historia de amor llamada Rana Linchen, quien cree que Kazuya es su alma gemela después de apoyarla en varias peleas contra oponentes universitarios de cambiar de posición y curso. Cuando los Novas asaltan su universidad utilizando Pandora bajo su control para obtener acceso al laboratorio subterráneo de la institución, su competencia es eliminada.
Satellizer y Kazuya se unen a algunos de los alumnos de West Genetics en un laboratorio en Alaska, donde pueden estar para ayudar junto con la tarea Evolution Pandora (E Pandora), permitiendo que las mujeres normales obtengan trasplantes de estigmas para convertirse en Pandora. Cuando uno de los E Pandora se vuelve loco, los demás cuestionan si los medicamentos en la experimentación no son peligrosos, sino que están hechos para obedecer los deseos de la organización empresarial y del gerente. Al descubrir que hasta que sean prescindibles, se utilizarán, la E-Pandora Amelia Evans dirige una revuelta que se convierte en un Nova Clash completo.
Kazuya aprende más sobre los vínculos de su familia con Nova y con Pandora. El abuelo de Kazuya, Gengo Aoi, encontró el mismo trabajo, lo que coloca a Rana y Satellizer en un equipo único con mujeres llamadas Valkyries. Sin embargo, a lo largo de la actividad de demostración con Nova de diseño personalizado que es ficticia, los Pandora experimentan delirios, y las Novas ficticias se convierten en una legión de 100 de Nova que diezman la genética. Gengo contrarresta esto desatando a las Pandora legendarias que son las tías de Kazuya. El esfuerzo de Chevalier para asesinar a Gengo empleando a varios convictos llamados Busters, cuando algunos de los Pandora legendarios se transforman en Novas letales, pero la tarea se desmorona.
