De Wikipedia: ambientada en la era moderna, la historia trata sobre Miharu Rokujou, que solo quería vivir una vida normal y heredar un restaurante Okonomiyaki. Por el momento, su mayor problema eran las constantes molestias de Kouichi Aizawa y Durandal Thobari Kumohira, quienes iniciaron un club Nindō (忍 道?, Literalmente, “Way of the Ninja”). Miharu no quería tener nada que ver con los "ninjas" y los rechazaba cada vez. Pero pronto, es atacado por un grupo real de ninjas y está protegido por Kouichi y Kumohira. Allí, Miharu se entera del mundo ninja oculto de Nabari, los roles de su compañero de clase y maestro en ese mundo, y del arte secreto Shinra Banshou (森羅 万象 Shinrabanshō ?, lit. "todas las cosas de la naturaleza") dentro de él. El arte secreto, que contiene todo el conocimiento del mundo, es muy codiciado en Nabari. Y debido a eso, Miharu no puede volver a su vida normal. Debe convertirse en el "Gobernante de Nabari" para sobrevivir. De Baka-Updates: Rokujou Miharu era un estudiante de secundaria aparentemente reacio que vivía en su propio mundo. Sin embargo, dentro de él, acechaba el poder supremo de Nabari, "Omnipotente". Para poseer un arma tan suprema, la manada de lobos de Iga juró llevar a Miharu de regreso a la aldea de Iga. Por otro lado, el profesor de inglés de Miharu, Kumohira sensei, y su compañero de clase, Kouichi, eran los ninjas de Banten cuya misión era proteger a Miharu. Así comenzó una guerra librada por la propiedad de "Omnipotente". Para sobrevivir, Miharu debe entrar en el mundo oculto de Nabari, para convertirse en rey.
