Resumen
El año es Universal Century 0133. Han pasado diez años desde que la resistencia armada de la fracción aristocrática, la Crossbone Vanguard, fue sometida. Tobia Aronnax es una estudiante de intercambio a bordo de la nave espacial Smashion hacia Júpiter, pero durante un ataque sorprendido de un grupo de piratas espaciales que se hacen llamar Crossbone Vanguard, descubre que en realidad había agendas ocultas entre aquellos en el Smashion y en el propio Júpiter.
Después de ser salvado por un miembro de los piratas llamado Kincaid Nau, fue llevado a bordo del barco pirata, el Mother Vanguard, y su capitán, Berah Ronah, lo convenció de unirse a ellos. La verdadera identidad del grupo pirata se reveló como un grupo guerrillero que se resiste a la fracción secreta dentro de Júpiter, el Imperio de Júpiter, que tiene la intención de conquistar la Tierra. Ahora Tobia debe pilotar uno de los tres poderosos Crossbone Gundam para ayudar a este nuevo Crossbone Vanguard en su búsqueda para oponerse a los planes del Imperio de Júpiter.