En AG 101 (el año 101 del calendario de Generación Avanzada) una entidad misteriosa conocida solo como "UE", o "enemigo desconocido", ataca y destruye la colonia espacial Angel. Este brutal ataque se vuelve infame como "El día que cayó el ángel" y marca el comienzo de la guerra de la humanidad por la supervivencia. La serie comienza en AG 108 cuando la UE ataca la colonia espacial Ovan, donde Flit Asuno vive ahora después de que escapó de la colonia Angel antes de su destrucción. La madre de Flit poco antes de ser asesinada por la UE, le da a su hijo un objeto llamado "Dispositivo AGE". En su interior, descubre los planos de un arma poderosa del pasado: el antiguo mesías llamado "Gundam".
A partir de estos planos, Flit pasa los próximos años estudiando ingeniería en una base de la Federación Terrestre en la colonia espacial de Nora y diseñando el Gundam AGE-1. Siete años después, en AG 115, Flit completa el Gundam AGE-1 Normal, justo cuando la UE ataca a Nora, y lo usa para ayudar a la tripulación del acorazado de la Federación "Diva" a evacuar a los ciudadanos de la colonia antes de que sea destruida. Decidido a llevar la batalla a la UE por destruir su casa dos veces, Flit acepta servir en el escuadrón de trajes móviles de Diva que pilota el Gundam. Después de obtener suficientes datos y poder militar para establecer un curso de acción, la tripulación de Diva y sus aliados lanzan un ataque exitoso que destruyó la fortaleza secreta de la UE en el asteroide Ambat. Allí se enteran de que los UE son en realidad los descendientes de una misión humana supuestamente fallida enviada a colonizar Marte, que la Federación de la Tierra dio por muerta, que formó su propia nación en el planeta rojo llamado Veigan.
